В первой серии сезона обычная японская школьница Усаги (Банни) Цукино по дороге в школу спасает от издевательства детей черную кошку с отметиной в форме полумесяца на лбу. Позже эта кошка приходит к Усаги домой и рассказывает ей, что та не простая школьница, а воин — Сейлор Мун и что она должна найти других воинов и Лунную Принцессу, чтобы победить их врага — Темное Королевство. Борьба с демонами оказалась не такой простой, как показалось Банни на первый взгляд, однако у неё в первых же сериях появляется защитник — незнакомец в чёрном плаще и маске, появление которого предвещает красная роза.
Усаги удаётся найти ещё трёх воинов в матроске: Сейлор Меркурий, Сейлор Марс, Сейлор Юпитер, но одновременно с этим у Темного Королевства тоже появляются новые воины: Нефрит, Зойсайт и Кунсайт (а до этого её главным врагом был Джедайт). Нефрит в процессе поиска серебрянного кристалла влюбляется в подругу Усаги — Нару и даже собирается перейти на сторону сейлор воинов, но его убивают демоны Зойсайта.
Вскоре Зойсайт узнает, что Мамору скрывается за маской Такседо Маска и ранит его ножом в плечо. Чтоб отобрать Радужные кристалы у Такседо Маска, он заманивает его в ловушку. Усаги увидев, что Мамору ранен следует за ним, но тоже вместе с ним попадает в ловушку Зойсайта. Зойсайт хотел убить обоих, но Усаги раскрывает себя и превращается в Сейлормун. Тогда Зойсайт атакует Сейлормун, но Мамору, превратившись Токседо Маска, закрывает её собой. Слеза Усаги пробуждают Серебряный Кристалл а вместе с ним воспоминания о прошлом и все узнают что настоящая принцесса Луны Серенити — Усаги, а Мамору — принцем Земли Эндимион. До всех этих событий появляется пятый воин в матроске — Сейлор Венера с верным другом котом Артемисом.
Тем временем в Темном Королевстве Королева Берил решает воскресить короля Металлию, для чего ей нужен Серебряный Кристалл. Она отправляет Кунсайта за раненым Такседо Маском и когда тот похищает его, превращает Такседо Маска в Темного Эндимиона, передав ему часть энергии короля Металлии и отправляет его забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл.
Усаги пытается заставить Мамору вспомнить о том, кто он. Эндимион не может забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл, каждый раз находя новые отговорки, тогда Кунсайт берет дело в свои руки и, заманив сейлор воинов на северный полюс, убивает их по одному с помощью сестер-демонесс. В конце Усаги остается одна, но её любовь к Мамору и желание чтобы смерть подруг не оказалась напрасной, помогает ей победить Королеву Берилл и уничтожить Темное Королевство.
Все воины возрождаются, однако они теряют память и не помнят, кто они и что они были когда-то знакомы…

Данный сезон включает в себя как бы две истории: про Дерево Мира Духов и про Хрустальный Токио и войну с Немезисом.

Нашему миру снова грозит опасность и опять требуется помощь воинов. Но после битвы на Северном полюсе они ничего не помнят и вернулись к обычной жизни, они даже не знают, что когда-то были знакомы... Позже они встречаются и вспоминают о прошлых жизнях. Случается это очень вовремя - на Землю в районе Токио падает метеорит, а вместе с ним новые враги - Эйл и Анна. У пришельцев есть волшебные карты Таро, с помощью которых они освобождают демонов-кардьянов, а также Древо Мира Духов - разумное растение и предок их расы, последними представителями которой Анна и Эйл являются. Под видом брата и сестры, Седжуро и Нацуми Гинга, они проникают в школу Усаги и начинают собирать энергию людей, без которой сами Чужие и Древо погибнут. Мамору теряет память, и теперь борьбу за его любовь начинают Усаги и Анна. Седжуро же влюбляется в Усаги, а в него - Макото. Одновременно с этим на помощь сейлор-воинам начинает приходить таинственный Рыцарь Лунного Света, уж очень похожий на Такседо Маска. Против новых врагов у девочек не хватает сил, и тогда они получают новые жезлы и атаки! В итоге поверившие в добро Чужие вместе с ростком очищенного Древа улетают на поиски нового мира, а Мамору вспоминает своё прошлое и возобновляет отношения с оданго-атамой. Однако история не окончена - на Усаги неожиданно сваливается очень похожая на неё «сестра» - вредная, очень на неё похожая девочка по имени Чибиуса. Как выясняется, она является будущей дочерью Усаги и Мамору, отправившейся в прошлое, чтобы найти Серебряный кристалл, утерянный в её времени.

В Хрустальном Токио будущего враги - изгнанный когда-то с Земли на ледяную планету Немезис Клан Тёмной Луны, сообщество революционеров-аристократов, готовы уничтожить их мир. Король Эндимион и королева Нео-Серенити не в силах защитить планету без Серебряного кристалла, а воины-хранители ещё недолго смогут продержаться, чтобы не дать планете пасть окончательно.

Понимая, что кристалл - ключ к победе, немезисцы тоже совершают путешествие во времени, желая завладеть кристаллом ещё в прошлом. Чтобы защитить мир от поползновений новых врагов, реальная мать Сейлор Мун из прошлого - королева Селенити, дарует ей новую силу. Первыми охоту за Чибиусой начинают четыре сестры-преследовательницы: Петцит, Калаверит, Бертерит и Кермецит, а командует ими глава вооружённых сил Немезиса - Красный Рубин(Кримсон Рубиус). Помимо поиска Чибиусы, сёстры занимаются размещением Тёмных Клиньев, чтобы уничтожить энергитический центр Хрустального Токио. Одна за другой сёстры-преследовательницыпереходят на сторону добра и становятся обычными людьми, а Красный Рубин похищает Чибиусу и сейлор-воинов на свой НЛО, но те сбегают с его корабля с помощью сейлор-телепортации. На охваченной огнём летающей тарелке появляется ещё один член Клана Тёмной Луны - Зелёная Изумруд(Грин Эсмеруд), которая оставляет погибать своего коллегу в страшных муках, а сама занимает его место. Изумруд продолжает устанавливать Тёмные Клинья, она, в свою очередь, подчиняется двум принцам Немезиса - Алмазу и Сапфиру, в первого она тайно влюблена.

Чибиуса спокойно вернулась в своё время, но воины не успели вздохнуть свободно, как у них возникли новые неприятности. На этот раз демоны атакуют людей в поисках самых чистых сердец, сердец хранителей талисманов — частей Святого Грааля. Также появляются новые воины — Уран и Нептун, — для которых важны только талисманы и поиск мессии.

В городе появился новый цирк. К Усаги в гости опять прибыла Чибиуса. А на людей снова начали нападать демоны. На этот раз их целью является поймать Пегаса/Гелиоса, хранителя Золотого кристалла и королевства Земли — Иллюзиона. Полумифическое существо, он скрывается в самом чистом из человеческих мечтаний…

В начале сезона выясняется, что предыдущие враги не погибли полностью и необходимо закончить начатое. Вскоре на планету прибывает трое воинов — Сейлор-воинов из другой системы. Они ищут свою принцессу, бежавшую с их родного мира, захваченного Галаксией, разыскивающей звёздные семена и новой целью выбравшей Землю и её защитников.

Любит:
из школьных предметов: домоводство;
из еды: мороженое и пирожные;
любимые цвета: розовый и белый;
любимые животные: зайки и кролики;
хобби: чтение (комиксов), еда, сон, видеоигры;
любимые места: любые веселые вечеринки, павильоны видеоигр;
предметы увлечения спортом: бег по утрам на занятия в школу.
Не любит:
из школьных предметов: математику и английский язык;
из еды: морковь.
Характерные черты: часто плачет, небрежна.
Сильные стороны: громко плачет (иногда приносит пользу, Демоны разбегаются), хороший друг, преследует парней (довольно настойчиво).
Мечтает выйти замуж за Мамору, и при этом иметь роскошную свадебную церемонию.
Боится привидений, зубных врачей, грозы, падений,а также Демонов.

Рэй обладала, по мнению ее самой, лучшими качествами лидера, чем кто-либо другой из Сейлор Воинов. Подростком она была заводилой среди сверстников. Сперва она невзлюбила Банни (Сейлор Мун) за умственную негодность (опять же, по ее собственному мнению) как лидера, а так же за её любовь к Такседо Маску (так как считала,что она сама больше подходит для него, чем взбалмошная Банни). Позже она поняла свою ошибочную точку зрения, и затем помогала, взваливая на себя в тяжелых ситуациях проблемы Сейлор Мун.

Ами - мозг команды. Какая-бы сложная проблема не вставала перед ней, она принимает вызов. Ее IQ приближается к уровню гения. Как правило, Ами решает почти любую головоломку, из тех с которыми сталкивается. Она также более сознательна по отношению к эмоциональной Банни, но она не просто супергероиня, которая не испытывает обычных для молодой девушки потребностей. В качестве Сэйлор Воина Ами придерживается мысли „Сила разума выше силы огня”.

Любит:
из школьных предметов: домашнее хозяйство;
из еды: вишневый пирог;
любимые цвета: зеленый, светло-розовый;
любимые животные: лошади;
хобби: готовка;
любимые места: кухня;
предметы увлечения спортом: борьба и фигурное катание.
Не любит:
из школьных предметов: физика.
Сильные стороны: хорошо готовит и владеет восточными единоборствами.
Мечтает стать хорошей невестой(женой), открыть ресторан.
Вредная черта слишком импульсивна.

Макото - практичный Сэйлор Воин. Она обычно выступает в роли вдохновителя (только в сражениях). Она очень независимая и сильная личность. К тому же она выше всех в пятерке Воинов в матросках. Макото предпочитает немедленно отвечать на вызов (в отличие от Ами, которая сначала думает, а потом делает). Порой Макото слишком импульсивно реагирует на угрозу (иногда она видит угрозу даже там, где ее нет), но на самом деле она не такая уж и злая и жестокая как её представляют себе некоторые из персонажей.

Имя: Минако Айно [愛野美奈子];
Сейлор Венера [セーラーヴィーナス];
Сейлор Ви [セーラーＶ].
День рождения: 22 октября.
Знак зодиака: Весы.
Возраст: 14 лет.
Группа крови: B (3 группа).
Талисман: Топаз.
Рост: 1 метр 57 сантиметров.
Школа: школа Шибакуен.
Семейное положение: живет с мамой в районе Минато-ку.
Боится матери и полиции.

Любит:
из школьных предметов: физкультура;
из еды: карри (индийское блюдо - рис с особыми специями);
любимые цвета: желтый и красный;
хобби: свободное времяпрепровождение в веселой компании, охота за кумирами;
любимые места: павильон видеоигр;
предметы увлечения спортом: волейбол.
Не любит:
из школьных предметов: математика и английский;
из еды: грибы сиитакэ.
Сильные стороны: видеоигры.
Слабые стороны: рассеянность.
Мечтает стать „звездой”.

Минако самая открытая из всех девушек. Она может дружить хоть с кем. Она проявляет большую заботу о своем душевном состоянии чем кто-либо, особенно Банни. У нее нет врагов, но тем не менее это не означает, что она не принимает участия в схватках.

Любит:
из школьных предметов: музыка;
из еды: сасими (блюдо из сырой рыбы, нарезанной кусочками);
любимые цвета: цвет морской волны;
любимые животные: зайки и кролики;
хобби: коллекционирование косметики;
любимые места: рядом с Харукой;
Не любит:
из еды: кикурагэ (разновидность грибов).
Характерные черты: целеустремленность.
Сильные стороны: хорошо играет на скрипке.

Мичиру Кайо это очень нежная и романтическая натура. Она превосходно играет на скрипке и очень неплохо рисует. Но как Воин она очень серьезна и готова пожертвовать всем, и в первую очередь собой, для достижения Великой Цели. В отличии от своей напарницы Харуки она менее эксцентрична и более комуникабельна по отношению к другим.

Мичиру Кайо довольно давно встала на стезю борца с силами Тьмы. Она стала Воином задолго до того, как познакомилась с остальными девочками, и даже раньше, чем подружилась со своей подругой и бессменной напарницей Харукой Тенон.
Мичиру была довольно известным и знаменитым, не смотря на свои молодые годы, художником. При этом она еще и великолепно играла на скрипке и фортепиано. Но через некоторое время её начали посещать смутные видения конца света, что сразу же отразилось и на ее картинах. На них стали появляться ужасы грядущего конца света. Ее преследовали сны и видения Конца… Они были настолько яркими, что не поверить им было просто нельзя… Девушка поняла, что это не просто сны.
Но Мичиру не была простым человеком, судьба предоставила ей выбор, остаться ли ей в стороне или попытаться вмешаться и помешать осуществлению злобных замыслов Тьмы… Она получила свой Жезл для превращений. С помощью него она смогла перевоплощаться в Воина, повелевающего стихией Моря. В образе Воина она стала бороться со Злом, но при этом стараясь никого не убить. Сэйлор Нептун понимала, что ей, возможно, придется в конце концов кого-нибудь убить и страшилась этого, но не видела иного выхода из сложившейся ситуации.
Её мечта стать обыкновенным скрипачом растаяла как утренний туман в полдень, оставив лишь легкую дымку где-то там, на горизонте, Она поняла, что уже никогда не сможет отвернуться от людских страданий, уйти в тень и отсидеться. Она осознала себя Воином - защитником добра на Земле. Воином, которому не чужды страдания других. Воином, который если надо умрет, выполняя свою миссию. Она взвалила на свои плечи тяжкий груз ответственности, который уже нельзя снять. Именно от такой ответственности она старалась оградить Харуку, но ей это не удалось, та тоже сделала свой Выбор, нелегкий Выбор, Выбор Воина

Сейлор Нептун - является Воином Моря. Её основное оружие магический водяной шар, который используется только для нападения. Помимо этого, с помощью одного из Талисманов (Зеркала), составляющих Святой Грааль, Мичиру может видеть истинный образ предметов, а не их иллюзорное представление.
Сейлор Нептун - очень решительный Воин. По характеру она не такая жестокая, как Харука, но и не мягкая…. отнюдь... Ради достижения Великой Цели она, как и Сейлор Уранус, готова пойти на любые жертвы. В отличие от последней, которая, руководствуясь принципом меньшего зла, не колеблясь готова пожертвовать жизнями нескольких, ради спасения миллионов, Нептун страдает при принятии таких решений, но, тем не менее, не отступает от того же принципа. Но Сейлор Нептун готова пожертвовать не только другими, она готова пожертвовать и собой, если это обеспечит достижение Цели. Она готова даже пойти на предательство (впоследствии это оказывается хитрым стратегическим шагом) для достижения Цели.
Вместе с Сейлор Уранусом, Сейлор Плутоном и Сейлор Сатурном, она образует команду Внешних Воинов, основной задачей которых служит борьба с интервентами извне Солнечной Системы.
Нептун и Уранус образуют странную парочку, которая подчиняется принципу: пусть весь мир перевернется, главное, что ты со мной… Но тем не менее, они очень активно сопротивляются перевороту этого самого Мира.

Относительно пола Тено Харуки ходит много слухов. Сами японцы считают, что в обычной жизни Харука является мужчиной, при перевоплощении в воина меняет пол. По другой версии это все создано ради интриги, чтобы привлечь внимание зрителей.

Живет с папой, Доктором Томо. Учится в Школе Мюген. После того как школа разрушается, Хотару становится очень маленькой и нигде не учится.

На самом деле "чиби" по-японски означает "маленького роста". Отсюда русский перевод ее имени - Малышка. Ее настоящее имя - Усаги, как и у Сейлор Мун. (В манге она завется "Усаги маленькая леди Серенити". В видеоигре "Another Story" ее зовут "Леди Серенити")

Мамору учится в университете. Родителей нет погибли в автокатастрофе. Имя Мамору как принца - Эндимион (Endymion), оно взято из мифологии, где есть история о Селене, влюбленной в Эндимиона.